在皇冠城风景如画、气候宜人的地方，神奇宝贝篮球世界杯即将举行。届时，大批观众和培训师将蜂拥而至，整个城市将沉浸在欢乐的海洋中。小吉（松本里香配音）和他的团队正在前往王关城的路上。在旅途中，他们遇到了一只名叫索罗亚的神秘神奇宝贝，它不仅可以转变成人类的姿势，还可以通过心电图与人类交流。小智和索罗亚走在一起，殊不知王关城发生了神奇宝贝暴乱。雷神、炎帝、水主原本是城池的守护者，但不知为何，他们向市民发起了攻击，造成了城池的混乱局面。这一切的始作俑者是一位名叫克林克斯的企业家（由谷谷隆配音），他也是索罗亚正在寻找的伴侣。